一、公告出臺背景
為加大對科技型企業(yè)特別是中小企業(yè)的政策扶持，有力推動大眾創(chuàng)業(yè)、萬眾創(chuàng)新，培育創(chuàng)造新技術、新業(yè)態(tài)和提供新供給的生力軍，促進經濟升級轉型升級，2016年，科技部、財政部、稅務總局聯(lián)合下發(fā)了《關于修訂印發(fā)<高新技術企業(yè)認定管理辦法>的通知》（國科發(fā)火〔2016〕32號，以下簡稱《認定辦法》）及配套文件《關于修訂印發(fā)<高新技術企業(yè)認定管理工作指引>的通知》（國科發(fā)火〔2016〕195號，以下簡稱《工作指引》）。
《認定辦法》和《工作指引》出臺后，《國家稅務總局關于實施高新技術企業(yè)所得稅優(yōu)惠有關問題的通知》（國稅函〔2009〕203號，以下簡稱“203號文件”）作為與原《認定辦法》和《工作指引》相配套的稅收優(yōu)惠管理性質的文件，其有關內容需要適時加以調整和完善，以實現高新技術企業(yè)認定管理和稅收優(yōu)惠管理的有效銜接，保障和促進高新技術企業(yè)優(yōu)惠政策的貫徹落實。為此，特制定本公告。
二、公告主要內容
?。ㄒ唬┟鞔_高新技術企業(yè)享受優(yōu)惠的期間
根據企業(yè)所得稅法的規(guī)定，企業(yè)所得稅按納稅年度計算，因此高新技術企業(yè)也是按年享受稅收優(yōu)惠。而高新技術企業(yè)證書上注明的發(fā)證時間是具體日期，不一定是一個完整納稅年度，且有效期為3年。這就導致了企業(yè)享受優(yōu)惠期間和高新技術企業(yè)認定證書的有效期不完全一致。為此，公告明確，企業(yè)獲得高新技術企業(yè)資格后，自其高新技術企業(yè)證書注明的發(fā)證時間所在年度起申報享受稅收優(yōu)惠，并按規(guī)定向主管稅務機關辦理備案手續(xù)。例如，A企業(yè)取得的高新技術企業(yè)證書上注明的發(fā)證時間為2016年11月25日，A企業(yè)可自2016年度1月1日起連續(xù)3年享受高新技術企業(yè)稅收優(yōu)惠政策，即，享受高新技術企業(yè)稅收優(yōu)惠政策的年度為2016、2017和2018年。
按照上述原則，高新技術企業(yè)認定證書發(fā)放當年已開始享受稅收優(yōu)惠，則在期滿當年應停止享受稅收優(yōu)惠。但鑒于其高新技術企業(yè)證書仍有可能處于有效期內，且繼續(xù)取得高新技術企業(yè)資格的可能性非常大，為保障高新技術企業(yè)的利益，實現優(yōu)惠政策的無縫銜接，公告明確高新技術企業(yè)資格期滿當年內，在通過重新認定前，其企業(yè)所得稅可暫按15%的稅率預繳，在年底前仍未取得高新技術企業(yè)資格的，則應按規(guī)定補繳稅款。如，A企業(yè)的高新技術企業(yè)證書在2019年4月20日到期，在2019年季度預繳時企業(yè)仍可按高新技術企業(yè)15%稅率預繳。如果A企業(yè)在2019年年底前重新獲得高新技術企業(yè)證書，其2019年度可繼續(xù)享受稅收優(yōu)惠。如未重新獲得高新技術企業(yè)證書，則應按25%的稅率補繳少繳的稅款。
?。ǘ┟鞔_稅務機關日常管理的范圍、程序和追繳期限
在《認定辦法》第十六條基礎上，公告進一步明確了稅務機關的后續(xù)管理，主要有以下幾點：
一是明確后續(xù)管理范圍。《認定辦法》出臺以后，稅務機關和納稅人對高新技術企業(yè)在享受優(yōu)惠期間是否需要符合認定條件存在較大的爭議。經與財政部、科技部溝通，《認定辦法》第十六條中所稱“認定條件”是較為寬泛的概念，既包括高新技術企業(yè)認定時的條件，也包括享受稅收優(yōu)惠期間的條件。因此，公告將稅務機關后續(xù)管理的范圍明確為高新技術企業(yè)認定過程中和享受優(yōu)惠期間，統(tǒng)一了管理范圍，明確了工作職責。
二是調整后續(xù)管理程序。此前，按照203號文件的規(guī)定，稅務部門發(fā)現高新技術企業(yè)不符合優(yōu)惠條件的，可以追繳高新技術企業(yè)已減免的企業(yè)所得稅稅款，但不取消其高新技術企業(yè)資格。按照《認定辦法》第十六條的規(guī)定，公告對203號文件的后續(xù)管理程序進行了調整，即，稅務機關如發(fā)現高新技術企業(yè)不符合認定條件的，應提請認定機構復核。復核后確認不符合認定條件的，由認定機構取消其高新技術企業(yè)資格后，通知稅務機關追繳稅款。
三是明確追繳期限。為統(tǒng)一執(zhí)行口徑，公告將《認定辦法》第十六條中的追繳期限“不符合認定條件年度起”明確為“證書有效期內自不符合認定條件年度起”，避免因為理解偏差導致擴大追繳期限，切實保障納稅人的合法權益。
?。ㄈ┟鞔_高新技術企業(yè)優(yōu)惠備案要求
《認定辦法》和《工作指引》出臺后，認定條件、監(jiān)督管理要求等均發(fā)生了變化，有必要對享受優(yōu)惠的備案資料和留存?zhèn)洳橘Y料進行適當調整。公告對此進行了明確。在留存?zhèn)洳橘Y料中，涉及主要產品（服務）發(fā)揮核心支持作用的技術所屬領域、高新技術產品（服務）及對應收入、職工和科技人員、研發(fā)費用比例等相關指標時，需留存享受優(yōu)惠年度的資料備查。
（四）明確執(zhí)行時間和銜接問題
一是考慮到本公告加強了高新技術企業(yè)稅收管理，按照不溯及既往原則，明確本公告適用于2017年度及以后年度企業(yè)所得稅匯算清繳。二是《認定辦法》自2016年1月1日起開始實施。但按照《科技部 財政部 國家稅務總局關于印發(fā)<高新技術企業(yè)認定管理辦法>的通知》(國科發(fā)火〔2008〕172號)認定的高新技術企業(yè)仍在有效期內。在一段時間內，按不同認定辦法認定的高新技術企業(yè)還將同時存在，但認定條件、監(jiān)督管理要求等并不一致。為公平、合理起見，公告明確了“老人老辦法，新人新辦法”的處理原則，以妥善解決新舊銜接問題。即按照《認定辦法》認定的高新技術企業(yè)按本公告規(guī)定執(zhí)行，按國科發(fā)火〔2008〕172號文件認定的高新技術企業(yè)仍按照203號文件和《國家稅務總局關于發(fā)布〈企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策事項辦理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2015年第76號）的有關規(guī)定執(zhí)行。三是明確《國家稅務總局關于高新技術企業(yè)資格復審期間企業(yè)所得稅預繳問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第4號）廢止。
來源：國家稅務總局
