根據《財政部?交通運輸部?稅務總局關于海南自由貿易港國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕41號）、《財政部?交通運輸部?稅務總局關于中國（上海）自由貿易試驗區(qū)臨港新片區(qū)國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕52號）規(guī)定，稅務總局配套制發(fā)了《國際運輸船舶增值稅退稅管理辦法》（以下簡稱《辦法》）。現解讀如下：
一、《辦法》出臺的背景
為支持海南自由貿易港、上海自由貿易試驗區(qū)臨港新片區(qū)建設，財政部會同交通運輸部、稅務總局先后制發(fā)了《關于海南自由貿易港國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕41號）和《關于中國（上海）自由貿易試驗區(qū)臨港新片區(qū)國際運輸船舶有關增值稅政策的通知》（財稅〔2020〕52號），明確對國際運輸企業(yè)自境內建造船舶企業(yè)購買、在海南洋浦港、上海洋山港登記的船舶，實行增值稅退稅政策（以下簡稱“船舶退稅”）。為確保船舶退稅政策落地，稅務總局制發(fā)了《辦法》，就船舶退稅的備案、辦理及后續(xù)管理等問題予以明確。
二、《辦法》的主要內容解讀
（一）適用《辦法》的具體范圍
《辦法》第二條明確，運輸企業(yè)購進符合財稅〔2020〕41號文件第一條、財稅〔2020〕52號文件第一條規(guī)定條件的船舶，按照《辦法》辦理船舶退稅。
（二）如何確定船舶退稅的退稅額？
《辦法》第二條明確，船舶退稅退還的增值稅額，為運輸企業(yè)購進船舶取得的增值稅專用發(fā)票上注明的稅額。
（三）適用船舶退稅政策的運輸企業(yè)，如何辦理船舶退稅備案？
《辦法》第四條明確，適用船舶退稅政策的運輸企業(yè)，應于首次申報船舶退稅時，憑以下資料向主管稅務機關辦理船舶退稅備案：一是內容填寫真實、完整的《出口退（免）稅備案表》及其電子數據。二是運輸企業(yè)從事國際運輸或港澳臺運輸業(yè)務的證明文件復印件。同時，為便利企業(yè)，《辦法》明確，上述資料運輸企業(yè)可通過電子化方式提交。
（四）適用船舶退稅政策的運輸企業(yè)，在填寫《出口退（免）稅備案表》時，有什么需要特別注意的地方？
《辦法》第四條明確，適用船舶退稅政策的運輸企業(yè)在填寫《出口退（免）稅備案表》時，應在“是否提供零稅率應稅服務”欄次填寫“是”；“提供零稅率應稅服務代碼”欄次填寫“01（國際運輸服務）”；“出口退（免）稅管理類型”欄次填寫“船舶退稅運輸企業(yè)”；其他欄次按填表說明填寫。
（五）此前未辦理過出口退（免）稅備案的運輸企業(yè)，如在適用船舶退稅政策的同時，還開展了貨物勞務出口業(yè)務，應當如何辦理出口退（免）稅備案？
《辦法》第五條明確，適用船舶退稅政策的運輸企業(yè)同時出口貨物勞務、且未辦理過出口退（免）稅備案的，除船舶退稅備案所需資料外，還應按現行規(guī)定提供加蓋備案登記專用章的《對外貿易經營者備案登記表》或《中華人民共和國外商投資企業(yè)批準證書》，以及《中華人民共和國海關報關單位注冊登記證書》等相關資料。
（六）已辦理船舶退稅備案的運輸企業(yè)，不再從事國際運輸業(yè)務的，是否需要向稅務機關辦理備案變更手續(xù)？如何辦理？
需要辦理。《辦法》第七條明確，已辦理船舶退稅備案的運輸企業(yè)，發(fā)生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸（或港澳臺運輸）業(yè)務等不符合財稅〔2020〕41號、財稅〔2020〕52號文件規(guī)定的退稅條件的，須自條件變更之日起30日內，持相關資料向主管稅務機關辦理備案變更，并自條件變更之日起，停止享受船舶退稅政策。
（七）適用船舶退稅政策的運輸企業(yè)，應當如何申報辦理船舶退稅？
《公告》第九條明確，運輸企業(yè)向主管稅務機關申請辦理船舶退稅時,提供下列資料及電子信息:一是財稅〔2020〕41號、財稅〔2020〕52號文件第三條第1項、第2項規(guī)定的資料復印件。其中，此前已向主管稅務機關提供過的資料，如無變化，企業(yè)無需重復提供。二是《購進自用貨物退稅申報表》及其電子信息，并在該表業(yè)務類型欄填寫“CBTS”，備注欄填寫“船舶退稅”。三是境內建造船舶企業(yè)開具的增值稅專用發(fā)票及其電子信息。四是主管稅務機關要求提供的其他資料。同時，為便利企業(yè)，《辦法》明確，上述資料運輸企業(yè)可通過電子化方式提交。
（八）運輸企業(yè)在申報船舶退稅時，需要提供境內建造船舶企業(yè)開具的增值稅專用發(fā)票，對于上述發(fā)票有什么特別要求？
《辦法》第九條明確，運輸企業(yè)購進船舶的增值稅專用發(fā)票，應當已通過增值稅發(fā)票綜合服務平臺確認用途為“用于出口退稅”。
（九）已辦理船舶退稅備案的運輸企業(yè)，發(fā)生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸（或港澳臺運輸）業(yè)務等不符合財稅〔2020〕41號、財稅〔2020〕52號文件規(guī)定情形的，是否需要補繳已退稅款？
需要補繳?！掇k法》第十二條明確，已退稅船舶發(fā)生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸（或港澳臺運輸）業(yè)務等不符合財稅〔2020〕41號、財稅〔2020〕52號文件規(guī)定的退稅條件的，運輸企業(yè)應當在條件變更次月的納稅申報期內，向主管稅務機關辦理補繳已退稅款手續(xù)。應補繳稅款按以下公式計算得出：
應補繳稅款＝購進船舶的增值稅專用發(fā)票注明的稅額×（凈值÷原值）
凈值＝原值-累計折舊
（十）運輸企業(yè)發(fā)生騙取船舶退稅等違法違規(guī)行為的，應當如何處理？
《辦法》第十四條明確，運輸企業(yè)發(fā)生騙取船舶退稅的，主管稅務機關應追回已退稅款，并依照稅收征管法的有關規(guī)定處理。
三、執(zhí)行期限
財稅〔2020〕41號文件明確，海南船舶退稅政策的施行期限為2020年10月1日至2024年12月31日，財稅〔2020〕52號文件明確，上海船舶退稅政策的施行期限為2020年11月1日至2024年12月31日，施行期限均以《船舶所有權登記證書》的簽發(fā)日期為準。根據上述規(guī)定，《辦法》發(fā)布后，凡是《船舶所有權登記證書》簽發(fā)日期在上述政策施行期間的，均可按《辦法》申請船舶退稅。
